Im Konstruktionsbüro des Verwaltungsgebäudes entwarfen Ingenieure der Firma Leichenverbrennungsöfen für die Konzentrationslager Dachau, Buchenwald, Mauthausen, Gusen und das Vernichtungslager Auschwitz. Für die Krematorien und Gaskammern in Auschwitz wurden außerdem Be- und Entlüftungsanlagen entworfen.
Bild: Der Ingenieur bei der Arbeit im Zeichenraum von Topf & Söhne (40er Jahre)
Somit halfen die Ingenieure von J.A. Topf & Söhne direkt mit, die Massenvernichtung der europäischen Jüdinnen und Juden zu organisieren, durch ihre Verbesserungsvorschläge konnten die Mordmethoden perfektioniert und effektiviert werden.
Kurt Prüfer, seit 1911 Angestellter der Firma und 1935 zum Oberingenieur aufgestiegen, entwickelte ab 1939 Leichenverbrennungsöfen für Konzentrationslager. In einer Patentanmeldung für einen "Kontinuierlich arbeitenden Leichen-Verbrennungs-Ofen für Massenbetrieb" vom 27. Oktober 1942 schreibt Prüfers Vorgesetzter Fritz Sander: "In den durch den Krieg und seinen Folgen bedingten Sammellagern der besetzten Ostgebiete mit ihrer unvermeidbar hohen Sterblichkeit ist die Erdbestattung der großen Menge verstorbener Lagerinsassen nicht durchführbar. [...] Es besteht daher der Zwang, die ständig anfallende große Anzahl von Leichen durch Einäscherung schnell, sicher und hygienisch einwandfrei zu beseitigen." Warum der Krieg so selbstverständlich erschien, warum so eine "große Menge" Menschen in Lagern eingesperrt war, warum deren Tod angeblich "unvermeidbar" war, daran verschwendeten die Topf-Ingenieure scheinbar keine Gedanken.
Prüfer war insgesamt elfmal in Auschwitz, nahm an Treffen der SS-Bauleitung teil und erfuhr so aus erster Hand von dem Vorhaben, Juden und Jüdinnen in Auschwitz industriell zu ermorden. Er entwarf immer größere Einäscherungsöfen, die schließlich in allen fünf Krematorien im Stammlager Auschwitz und in Auschwitz-Birkenau errichtet wurden. Prüfer inspizierte den Aufbau und wartete die oft defekten Anlagen mehrmals.
Bild: Konstruktionsbüro im Zustand von 1998
Sein Kollege Karl Schultze, Oberingenieur der Abteilung "Ventilation", entwarf Be- und Entlüftungen für die fünf Krematorien von Auschwitz, die allerdings nie eingebaut wurden. Ein Teil der ursprünglich als "Leichenkeller" bezeichneten Räume der Krematorien dienten später als Gaskammern.
Am 30. Mai 1945 wird Prüfer von der amerikanischen Militärpolizei festgenommen, verhört und am 13. Juni wieder freigelassen. Vom 14. bis 20. Juni vernichtet er mit dem zweiten Direktor Ernst-Wolfgang Topf alle mit der SS-Bauleitung von Auschwitz abgeschlossenen Verträge.
Prüfer, Schultze, Sander und der damalige Direktor Gustav Braun werden am 4. März 1946 von den sowjetischen Besatzungsbehörden festgenommen. Bei seinem Verhör gab Ingenieur Schultze, nach seiner Motivation befragt, zu Protokoll: "Wir standen in der Pflicht gegen über der SS, der Firma Topf und dem NS-Staat." Sander stirbt am 26. März 1946 in Karlshorst. Prüfer, Schultze und Braun werden am 3. April 1948 zu 25 Jahren GuLag in der UdSSR verurteilt. Dort stirbt Prüfer 1952. Schultze und Braun werden 1955 vorzeitig entlassen.